两岸实现“三通”，海上船舶运输直航已近五年，极大节约了两岸之间往来的时间和成本。至2013年11月底，闽台间海上船舶共运送散杂货物5149万吨，集装箱301.3万标箱；其中集装箱运输量占大陆对台运输量的1/3，福建作为对台主通道作用日益凸显。
为进一步提升对台运输服务水平，加快闽台快捷运输通道建设，福建交通运输部门积极推动闽台电子口岸互通和信息共享，交通电子口岸厦门分中心建立了和台湾关贸网络的对接，实现闽台两地的航商及港口企业提供航运电子数据自由交换；加强闽台港口分工协作，厦门港务集团与台湾港务公司签订合作备忘录，开展厦台集装箱业务、两岸邮轮运输、投资合作等方面合作。未来，还将在厦门与平潭试点闽台两地机动车辆互通，争取两岸运输往来实现新的突破。