11月4日，海峡两岸关系协会会长陈云林与海峡交流基金会董事长江丙坤在台北就两岸直航、平日包机、邮政、食品安全等四项议题签署了协议。其中《海峡两岸海运协议》的签署,标志着海峡两岸同胞期盼已久的全面、双向、直接的海上直航实现了。此举为海峡两岸海运业的发展揭开了新的一页，将促进两岸经济的发展，是为两岸人民谋福祉的重要举措。
《海峡两岸海运协议》将于签署之日起40日内生效。该协议明确，两岸资本并在两岸登记的船舶，经许可后可从事两岸间客货直接运输；双方依市场需求等因素，相互开放主要对外开放港口（含港区）；两岸登记船舶自进入对方港口至出港期间，船舶悬挂公司旗；双方在两岸货物、旅客通关入境等口岸管理方面提供便利，并按照平等参与、有序竞争原则，根据市场需求，合理安排运力。
双方航运公司可在对方设立办事机构及营业性机构，开展相关业务。双方对航运公司参与两岸船舶运输在对方取得的运输收入，相互免征营业税；双方积极推动海上搜救、打捞机构的合作，建立搜救联系合作机制，共同保障海上航行和人身、财产、环境安全。发生海难事故，双方应及时通报，并按照就近、就便原则及时实施救助；双方在船舶通信导航、证照查验、船舶检验、船员服务、航海保障、污染防治及海事纠纷调解处理等方面，依航运惯例、有关规范处理，并加强合作。
据悉，大陆方面开放的港口有包括上海港在内的63个港口（含港区），台湾方面开放的港口有包括高雄港在内的11个港口（含港区）。
