财务部和国家税务总局近日出台了《关于福建沿海与金门、马祖、澎湖海上直航业务有关税收政策的通知》，规定海峡两岸船运公司从事福建沿海与金门、马祖、澎湖海上直航业务在大陆取得的运输收入将免征营业税和企业所得税的优惠政策。
通知规定，自2007年5月1日起，对海峡两岸船运公司从事福建沿海与金门、马祖、澎湖海上直航业务在大陆取得的运输收入，免征营业税。享受营业税免税政策的纳税人应按现行营业税政策规定，单独核算其免税业务收入。未单独核算的，不得享受免征营业税政策。
船运公司在2007年5月1日之后已缴纳应予免征的营业税，可以从以后应缴的营业税税款中抵减，年度内抵减不完的可予以退税。
通知还规定，自2007年5月1日起，对船运公司从事上述业务取得的所得，免征企业所得税。享受企业所得税免税政策的纳税人应按现行企业所得税政策规定，单独核算从事上述业务在大陆取得的收入、成本。未单独核算的，不得享受免征企业所得税政策。